C’est à Paris au 18° siècle, le 17 juillet 1738 que Jean-Baptiste Grenouille naît derrière un étal de poissons, l’endroit le plus puant du royaume. Sa mère, poissonnière accouche accroupie, de la même manière que pour ses quatre autres précédents enfants mort-nés. Mais Jean-Baptiste Grenouille survit et se met à pousser des cris, ce qui attire l’attention des passants et conduit la mère à lacondamnation à mort pour infanticide. L’enfant est alors recueilli par une nourrice. Mais la nourrice est troublée par cet enfant qui n’a pas d’odeur et le laisse aux soins d’un moine. Le moine est lui aussi troublé par la manière dont Grenouille le sent. Il s’en débarrasse chez madame Gaillard qui recueille des enfants pour de l’argent, mais s’en débarrasse rapidement lorsqu’elle se rend comptequ’il un don de voir à travers les murs et que cela attire le malheur et la mort.
À l’âge de huit ans, il est confié à Grimal, un tanneur brutal chez qui il devient apprenti. Alors que tous les tanneurs sont troublés par l’odeur nauséabonde qui se dégage de la fabrique, Jean Baptiste s’en accommode parfaitement. Il tombe malade de la variole, maladie généralement mortelle, à laquelle il survit. Ileffectue de nombreuses promenades dans Paris et découvre qu’il est doté d’un nez très fin qui lui permet de décomposer toutes les odeurs. Au bout d’un certain temps, il connaît toutes les odeurs de Paris.
Il rencontre, un soir de septembre 1753, une jeune fille rousse, qui exhale une odeur sublime, ce qui le trouble profondément. Pour la première fois de sa vie, Grenouille ressent une forte émotion.Il veut posséder ce parfum extraordinaire, voilà désormais le sens de sa vie. Il tue alors la jeune fille en l’étouffant pour l’empêcher de crier. Lorsqu’il se rend compte que morte, celle-ci ne sent plus rien, il est profondément abattu. Ce meurtre et l’obtention de ce formidable parfum sont les éléments qui vont déterminer la vie de Grenouille : il veut devenir le meilleur créateur de parfum.Il se rend chez un maître parfumeur, Giuseppe Baldini, et réussit à se faire prendre comme apprenti, en démontrant ses formidables capacités olfactives. Grenouille crée de nouveaux parfums pour le compte de Baldini. Baldini n’a jamais créé de parfum, sa réputation déclinante était à l’origine usurpée. Il fait passer les créations de Grenouille pour les siennes et saisit l’opportunité de s’enrichiret profiter d’un nouveau succès.
Baldini lui apprend tout l’art des parfumeurs et s’intéresse particulièrement à la technique de la distillation qui lui permet de s’emparer de l’odeur des fleurs. Néanmoins, Grenouille n’arrive pas à capter l’odeur d’objets, ce qui le rend terriblement malade. Il apprend de Baldini que d’autres techniques plus sophistiquées, comme celle de l’enfleurage, sontutilisées dans la ville de Grasse, ce qui le guérit immédiatement. Dès lors, Grenouille veut se rendre à Grasse, mais il doit d’abord être compagnon. Baldini le fait compagnon après l’avoir exploité pendant trois ans. Grenouille part alors pour Grasse et entreprend son voyage initiatique.
Au cours du chemin, il découvre qu’il hait l’odeur des hommes, ce qui le pousse à se terrer dans une grotte d’unvolcan d’Auvergne isolé du monde et des hommes. Pour la première fois, l’ancien employé de Baldini ne va rien sentir du tout. Grenouille va rester pendant sept ans reclus dans la grotte, dans laquelle il se crée son propre royaume d’odeurs. Il passe ses journées à se souvenir des parfums qu’il a connus, et finit toujours par celui de la jeune fille assassinée, ce parfum lui donne un formidableplaisir. Un jour, Grenouille rêve de son odeur mais il ne peut pas la sentir, il se rend compte alors qu’il n’a pas d’odeur, ce qui est un comble pour quelqu’un capable de voir le monde par ses odeurs. Cette terrible découverte le pousse à quitter sa grotte.
Lorsqu’il redescend dans la vallée, il est recueilli par le marquis de la Taillade-Espinasse, qui compte utiliser Grenouille comme preuve…